這裡介紹 R 的一些基本繪圖函數使用方式。
plot 函數這裡我們繼續採用 vegetation 的資料來做示範，這個資料是黃石國家公園（Yellowstone National Park）與 National Bison Range 所觀測到的草原生態資料，研究的目的在於觀察這裡的生物多樣性是否有隨著時間而改變。首先讀取
Veg <- read.table(file = "Vegetation2.txt", header = TRUE)
如果我們想要畫出物種豐富度（Veg$R）與外露泥土（Veg$BARESOIL）的關係分布圖，可以執行：
plot(Veg$BARESOIL, Veg$R)
畫出來的圖會像這樣
plot 函數的第一個參數是指定橫軸的資料，而第二個參數則是指定縱軸的資料，通常我們會習慣將反應變數（response variable）設定為縱軸，而解釋變數（explanatory variable）設定為橫軸。這裡要注意一點，在 R 中有許多函數在指定模型時，反應變數會寫在前面，接著才是解釋變數，如果怕混淆，可以使用具名參數的寫法：
plot (x = Veg$BARESOIL, y = Veg$R)
plot 也可以使用 data 參數指定資料來源的 data frame，但是他的用法會有些不同：
plot (R ~ BARESOIL, data = Veg)
我們可以利用 plot 所提供的各種參數設定座標軸的名稱、繪圖區間等等資訊：
plot (x = Veg$BARESOIL, y = Veg$R, xlab = "Exposed soil", ylab = "Species richness", main = "Scatter plot", xlim = c(0, 45), ylim = c(4, 19))
xlab 與 ylab 是指定 x 軸與 y 軸的
畫出的圖形為
我們也可以用這樣的方式自動指定繪圖的區間：
xlim = c(min(Veg$BARESOIL), max(Veg$BARESOIL))
如果資料中存在有缺失值，記得要加上 na.rm = TRUE：
xlim = c(min(Veg$BARESOIL, na.rm = TRUE), max(Veg$BARESOIL, na.rm = TRUE))
