Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像序列檔案
介紹如何使用 Python 的 SimpleITK 模組讀取 DICOM 影像序列檔案，查看後設資料（metadata）、轉存為其他格式的三維影像檔案。 這裡我們使用 DICOM Library 所提供的 CT 影像作為示範，除此之外 ORS 的網站上面也有提供許多可用來測試的影像檔案。 ...
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Python SimpleITK 影像處理教學：合併純量影像製作彩色影像
介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 將兩張灰階影像合併成一張 RGB 彩色影像，評估兩張影像的對準狀況。 在做完影像對準（image registration）的處理之後，通常都會需要以視覺化的方式呈現兩張影像，評估對準的結果，以下是將兩張灰階影像合併為一張 RGB 彩色影像的流程示範。 ...
SimpleElastix 影像對準工具安裝、基本使用教學與範例
介紹如何使用 SimpleElastix 影像對準（image registration）工具，以剛性、線性、非線性的方式對準影像。 安裝 SimpleElastix 從 GitHub 下載 SimpleElastix 的原始碼： # 下載 SimpleElastix 原始碼 git clone https://github.com/SuperElastix/SimpleElastix 建立編譯用目錄，在該目錄中編譯： ...
Python SimpleITK 影像處理教學：Extract、Crop、RegionOfInterest 擷取部分影像
介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 將一張影像中的部分區域擷取出來，變成一張小的影像。 SimpleITK 的 Extract 與 Crop 函數可以將一張影像中的部分區域擷取出來，儲存成一張小的影像。 ...
Python SimpleITK 影像處理教學：Shrink 縮小影像
介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 的 Shrink 函數來縮小影像。 顯示影像切面函數 首先定義一個用來顯示影像切面的函數： import SimpleITK as sitk import matplotlib.pyplot as plt # 顯示影像切面 def myShowImage(image, z_index): nda = sitk.GetArrayViewFromImage(image) slice = nda[z_index,:,:] plt.imshow(slice) plt.show() 原始影像 這裡我們以 Allen Mouse Brain Atlas 老鼠標準腦的影像為範例，先讀取原始影像，並檢查其影像大小、位置與 voxel size 資訊。 ...