ITK on G. T. Wang

Python 讀取、顯示 NIfTI 影像教學與範例

Tue, 19 Apr 2022 11:15:17 +0800

本篇介紹如何在 Python 中使用 NiBabel 或 SimpleITK 模組讀取並顯示 NIfTI 影像（.nii、.nii.gz）。

NiBabel 是一個專門用於處理醫學與神經影像的模組，對於 NIfTI 影像格式支援度非常好，而 SimpleITK 則是通用型的影像處理模組，可以在讀取 NIfTI 影像之後，進行各種後續分析。這兩套工具都可以用來查看 NIfTI 影像，以下是操作教學。

ITK 以 LabelStatisticsImageFilter 套用遮罩影像計算統計量教學與範例

Fri, 15 Jan 2021 18:08:58 +0800

介紹如何使用 ITK 的 LabelStatisticsImageFilter 套用遮罩影像計算各種統計量，包含體積（數量）、加總、平均值、變異數、範圍等。

建立測試影像與遮罩影像

首先使用亂數的方式建立測試用的原始影像，並且手動建立一張測試用的遮罩影像：

Python 使用 ITK 讀取、寫入、建立影像教學與範例

Sun, 10 Jan 2021 10:47:32 +0800

介紹如何在 Python 中以 ITK 模組讀取、寫入影像檔案，以及自行建立 ITK 影像的方法。

ITK 快速讀取、寫入影像檔案

對於普通的影像檔案，可以使用 ITK 模組提供的 imread 函數來快速載入，其呼叫之後會立即執行載入檔案的動作，直接傳回影像內容：

ITK 計算 3D 二元遮罩影像物件數量與體積

Thu, 07 Jan 2021 19:01:01 +0800

介紹如何在 Python 中使用 ITK 函式庫計算 3D 二元遮罩影像中的物件數量與體積。

讀取原始影像

載入原始的 3D 細胞影像：

import itk
import itkwidgets

# 載入影像
image = itk.imread("3d_monolayer_xy1_ch2.tif")

# 查看影像
itkwidgets.view(image)

這裡所使用的 3D 細胞影像可以從 CellProfiler 的 GitHub 網站上取得。

SimpleITK 計算 2D 二元遮罩影像物件數量與統計值

Thu, 07 Jan 2021 09:59:55 +0800

介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 的 ConnectedComponent 取出二元遮罩影像中的物件，計算物件數量與統計值。

我們希望透過影像分割（segmentation）之後的遮罩影像（mask image），自動計算圖片中的細胞數量（或是各種不相連物件的數量）。

Jupyter 以 itkwidgets 比較兩個影像差異教學與範例

Wed, 06 Jan 2021 09:43:40 +0800

介紹如何在 Jupyter 環境中使用 itkwidgets 的棋盤式與並列式影像比較圖，比較兩張 3D 影像的差異。

棋盤式影像比較圖

首先引入 itk 與 itkwidgets 模組，並以 itk 的 imread 讀取影像：

import itk
import itkwidgets

# 以 ITK 讀取兩張影像
image1 = itk.imread("brainweb165a10f17.mha")
image2 = itk.imread("brainweb1e1a10f20.mha")

使用 itkwidgets 的 checkerboard 函數可以繪製棋盤式的影像比較圖，其中的 pattern 參數可以用來調整格子的數量，這個數量也可以在互動式的操作介面上調整：

ITK 樣條曲線 BSpline 非剛性影像對準教學與範例

Thu, 24 Dec 2020 18:49:59 +0800

介紹如何使用 ITK 的樣條曲線（BSpline）轉換對 2D 影像進行非剛性影像對準。

這個範例中使用 BSplineTransform 轉換對 2D 的影像進行非剛性影像對準（non-rigid image registration），由於樣條曲線（BSpline）轉換的參數數量很龐大，所以這個例子中採用 LBFGSOptimizerv4 而不用普通的 RegularStepGradientDescentOptimizer 或 ConjugateGradientLineSearchOptimizer。

ITK 有限元素法影像對準 FEM Registration 教學與範例

Thu, 17 Dec 2020 18:11:52 +0800

介紹 ITK 所提供的有限元素法影像對準的使用方式，並提供基本的範例程式碼。

有限元素法影像對準

以下是使用 ITK 的有限元素法（finite element method，簡稱 FEM）影像對準的基礎範例。

ITK 儲存、載入影像 Transform 轉換參數教學與範例

Tue, 15 Dec 2020 21:59:16 +0800

介紹如何使用 ITK 的 TransformFileWriter 與 TransformFileReader 寫入與讀取各種 Transform 影像轉換與參數。

寫入與讀取轉換

以下是一個簡單的儲存與載入轉換範例，先以 AffineTransform 與 BSplineTransform 組合建立一個 CompositeTransform 轉換，再使用 TransformFileWriter 將 CompositeTransform 轉換與其參數寫入檔案，最後再以 TransformFileReader 將轉換從檔案中讀取出來使用。

ITK 多階段 Multi-Stage 影像對準架構教學與範例

Thu, 10 Dec 2020 15:06:06 +0800

介紹如何在 ITK 的多階段（multi-stage）影像對準架構下，組合平移對準（translation registration）與仿射對準（affine registration）。

ITK 多層級 Multi-Resolution 影像對準架構教學與範例

Mon, 07 Dec 2020 15:29:17 +0800

介紹如何在 ITK 的多層級（multi-resolution）影像對準架構下，進行線性仿射影像對準（affine registration）。

SimpleITK 使用 IntensityWindowingImageFilter 轉換影像數值範圍教學與範例

Fri, 27 Nov 2020 09:59:27 +0800

介紹如何使用 SimpleITK 的 IntensityWindowingImageFilter 對影像的像素值進行線性轉換。

IntensityWindowingImageFilter 的作用跟 RescaleIntensityImageFilter 類似，差異在於 IntensityWindowingImageFilter 可以自行指定窗函數的數值區間。

相關文章：
SimpleITK 使用 RescaleIntensityImageFilter 轉換影像數值範圍教學與範例

Python ITK 3D 剛性影像對準 Rigid Registration 置中初始化教學與範例

Wed, 11 Nov 2020 14:13:51 +0800

介紹如何使用 VersorRigid3DTransform 剛性影像轉換搭配 CenteredTransformInitializer 置中初始化對影像進行對準。

影像對準

首先定義各種資料與物件的型別。

import itk
import matplotlib.pyplot as plt

# 定義資料型別
FixedImageType   = itk.Image[itk.F, 3]
MovingImageType  = itk.Image[itk.F, 3]
TransformType    = itk.VersorRigid3DTransform[itk.D]
OptimizerType    = itk.RegularStepGradientDescentOptimizerv4[itk.D]
RegistrationType = itk.ImageRegistrationMethodv4[FixedImageType,
                                                 MovingImageType]
MetricType       = itk.MeanSquaresImageToImageMetricv4[FixedImageType,
                                                       MovingImageType]

建立影像 reader，並指定影像來源檔案：

SimpleITK 使用 RescaleIntensityImageFilter 轉換影像數值範圍教學與範例

Sun, 08 Nov 2020 15:01:30 +0800

介紹如何使用 SimpleITK 的 RescaleIntensityImageFilter 對影像的像素值進行線性轉換。

相關文章：
SimpleITK 使用 IntensityWindowingImageFilter 轉換影像數值範圍教學與範例

首先從 DICOM 影像序列讀取 3D 影像資料：

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt

# DICOM 影像序列檔案所在目錄
dicom_folder = "/mnt/data/ct_image"

# 建立影像序列 Reader
reader = sitk.ImageSeriesReader()

# 取得所有 DICOM 影像的 Series IDs
series_ids = reader.GetGDCMSeriesIDs(dicom_folder)

# 取得指定 Series ID 的 DICOM 影像序列檔案名稱
dicom_filenames = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dicom_folder, series_ids[])

# 設定 DICOM 影像序列檔案名稱
reader.SetFileNames(dicom_filenames)

# 實際讀取影像內容
image = reader.Execute()

確認影像的大小：

ITK 使用 BinaryMask3DMeshSource 將二元影像轉為 Surface 教學與範例

Wed, 04 Nov 2020 19:49:38 +0800

介紹如何使用 ITK 的 BinaryMask3DMeshSource 將二元影像（binary image）轉為網格（mesh）構成的 surface。

相關文章：
ITK 使用 TriangleMeshToBinaryImageFilter 將 Surface 轉為二元影像教學與範例
 VTK 使用 vtkDiscreteMarchingCubes 將二元遮罩影像轉為 Mesh 網格教學與範例

Python ITK 2D 影像對準 Hello World 教學與範例

Fri, 30 Oct 2020 20:13:06 +0800

介紹如何在 Python 中使用 ITK 函式庫的 v4 影像對準框架處理二維影像的對準，並提供 hello world 範例程式碼。

ITKv4 影像對準框架

ITKv4 影像對準框架跟上一版比較起來更為彈性，主要差異就是對準過程都在新的虛擬影像（virtual image）中進行，固定影像（fixed image）與調動影像（moving image）都透過轉換（transforms）與內插（interpolators）在虛擬影像空間以 metric 衡量配適程度，然後將結果交給 optimizer 更新轉換參數，重複這個過程直到結果收斂。

ITK 使用 ScalarImageKmeansImageFilter 進行 K-Means 分群教學與範例

Tue, 27 Oct 2020 10:20:41 +0800

介紹如何使用 ITK 的 ScalarImageKmeansImageFilter 以 K-means 分群演算法，將影像像素值進行分群（clustering），產生標註（label）影像。

原始影像

載入原始影像。

import itk
import matplotlib.pyplot as plt

# 影像像素資料類型
PixelType = itk.SS

# 影像維度
Dimension = 2

# 影像類型
ImageType = itk.Image[PixelType, Dimension]

# 建立影像 Reader
ReaderType = itk.ImageFileReader[ImageType]
reader = ReaderType.New()
reader.SetFileName("fixed.mhd")
reader.Update()

# 讀取 Fixed 影像
image = reader.GetOutput()

# 顯示原始影像
plt.imshow(itk.GetArrayViewFromImage(image), cmap='gray')
plt.show()

Python ITK 線性仿射影像對準 Affine Registration 教學與範例

Mon, 19 Oct 2020 19:07:20 +0800

介紹如何在 Python 中使用 ITK 進行影像的線性仿射影像對準（affine registration）。

準備測試用影像

這裡我們使用一張影像作為基準影像（fixed image），以 AffineTransform 線性仿射轉換套用至基準影像上，產生一張調動影像（moving image）。

Python ITK 以 Observer 監看影像對準過程教學與範例

Wed, 14 Oct 2020 16:07:58 +0800

介紹如何使用 ITK 的 observer 監看影像對準過程，繪製及時的距離變化圖，確認收斂情況。

影像對準（image registration）的計算過程需要確認結果是否正確收斂到最佳解，在 ITK 中我們可以透過設定 observer 的方式，取出每次疊代產生的 metric 數值，並及時繪製出圖形，方便開發者調整參數。

Python ITK 影像平移線性對準 Translation Registration 教學與範例

Wed, 14 Oct 2020 12:08:34 +0800

介紹如何在 Python 中使用 ITK 進行 2D 影像平移線性對準（translation registration）。

準備測試用影像

這裡我們使用一張影像作為基準影像（fixed image），以 TranslationTransform 平移轉換套用至基準影像上，產生一張調動影像（moving image）。

Python 使用 ITK SimpleFilterWatcher 監看 Filter 執行狀態教學與範例

Tue, 13 Oct 2020 06:58:42 +0800

介紹如何在 Python 中使用 ITK 的 SimpleFilterWatcher 輸出指定 filter 產生的管線事件（pieline events）詳細資訊。

在開發 ITK 應用程式時，如果需要觀察管線內部各個 filter 的運作狀況，可以在程式中加入 SimpleFilterWatcher，把指定 filter 的所產生的所有管線事件輸出至標準輸出（standard output）。

Python 使用 ITK ResampleImageFilter 影像座標轉換、重新取樣教學與範例

Sun, 11 Oct 2020 18:56:33 +0800

介紹如何使用 ITK 的 ResampleImageFilter 進行影像的各種座標轉換以及重新取樣。

ITK 的 ResampleImageFilter 可以用來套用 ITK 的各種轉換（transform），並且以指定的內插方法（interpolator）進行影像的重新取樣（resample），得到新座標系統下的影像。

Python 使用 ITK ImageFileWriter 串流分批寫入大型檔案教學與範例

Sat, 10 Oct 2020 17:02:14 +0800

介紹如何在 Python 中使用 ITK 的 ImageFileWriter 本身的串流功能，分批處理大型檔案。

在使用 ITK 進行各種處理流程時，除了使用 StreamingImageFilter 分割資料建立串流之外，亦可在使用 ImageFileWriter 寫入檔案的時候，以 SetNumberOfStreamDivisions 設定串流分割參數，讓整條管線都以串流的方式處理，以下是一個轉換影像類型的範例：

Python 使用 ITK StreamingImageFilter 串流分批處理大型影像教學與範例

Sat, 10 Oct 2020 09:39:17 +0800

介紹如何在 Python 中使用 ITK 的 StreamingImageFilter 將大型影像自動分割成小區域，以串流分批處理。

在使用 ITK 處理影像資料時，若遇到影像過大、記憶體不足時，可以使用串流（streaming）的方式將資料切割成小區域分批處理，以節省記憶體。

SimpleITK 使用 MaskImageFilter 與 MaskNegatedImageFilter 套用遮罩影像教學與範例

Sat, 26 Sep 2020 15:28:38 +0800

介紹如何使用 SimpleITK 的 MaskImageFilter 與 MaskNegatedImageFilter 將遮罩套用至影像中，取出原始影像中對應遮罩標示的區域。

`MaskImageFilter` 套用遮罩

MaskImageFilter 可以將影像套用指定遮罩，將指定遮罩值的區域篩除。

ITK 使用 TriangleMeshToBinaryImageFilter 將 Surface 轉為二元影像教學與範例

Sat, 26 Sep 2020 08:33:31 +0800

介紹如何使用 ITK 的 TriangleMeshToBinaryImageFilter 將網格（mesh）包圍的範圍轉為二元影像（binary image）。

相關文章：
ITK 使用 BinaryMask3DMeshSource 將二元影像轉為 Surface 教學與範例
 VTK 使用 vtkDiscreteMarchingCubes 將二元遮罩影像轉為 Mesh 網格教學與範例

Python 處理 NumPy、SimpleITK 與 ITK 影像互相轉換教學與範例

Thu, 24 Sep 2020 19:53:34 +0800

介紹如何在 Python 中處理 NumPy、SimpleITK 與 ITK 三種影像格式的互相轉換。

SimpleITK 轉換為 NumPy 與 ITK

若要將 SimpleITK 格式轉換為單純的 NumPy 陣列，可以使用 GetArrayFromImage 或是 GetArrayViewFromImage。

SimpleITK 使用 LabelOverlay 套疊標註影像教學與範例

Wed, 23 Sep 2020 19:05:26 +0800

介紹如何使用 SimpleITK 的 LabelOverlay 將標註影像（label image）自動套用色彩後，疊加在原始影像上。

在檢視原始影像與標註影像的對應時，除了用 LabelToRGBImageFilter 將標註影像轉為 RGB 彩色影像之外，也可以利用 LabelOverlay 自動將標註影像轉為 RGB 彩色影像之後，直接疊在原始影像上面。

SimpleITK 使用 LabelToRGBImageFilter 將標註影像轉為 RGB 彩色影像教學與範例

Wed, 23 Sep 2020 09:57:19 +0800

介紹如何使用 SimpleITK 的 LabelToRGBImageFilter 將標註影像（label image）轉換為 RGB 彩色影像，方便顯示於螢幕上。

在標註影像的區域時，通常會將標註資訊儲存於另外一個標註檔案（label image）之中，跟原始影像搭配使用，以下是 Allen Mouse Brain CCFv3 平均腦與標註影像的範例。

ITK 使用 MeshFileReader 讀取 OBJ 檔案教學與範例

Mon, 07 Sep 2020 10:39:40 +0800

介紹如何使用 ITK 的 MeshFileReader 讀取 OBJ 網格檔案。

Python 讀取 OBJ 檔案

若在 Python 中，可以使用 itk 模組的 MeshFileReader 來讀取 OBJ 檔案：

import itk

# 設定 Mesh 資料型態（浮點數、維度 3）
meshType = itk.Mesh[itk.F, 3]

# 建立 Mesh Reader
meshReader = itk.MeshFileReader[meshType].New()

# 設定 MeshIO
meshIO = itk.OBJMeshIO.New()
meshReader.SetMeshIO(meshIO)

# 指定 OBJ 檔案名稱
meshReader.SetFileName('my_mesh.obj')

# 實際讀取 OBJ 檔案
meshReader.Update()

# 取得 Mesh 內容
mesh = meshReader.GetOutput()

C++ 讀取 OBJ 檔案

若要在 C++ 讀取 OBJ 檔案，可以使用 itk::MeshFileReader：

itkwidgets 互動式 Jupyter 影像視覺化工具使用教學與範例

Fri, 07 Aug 2020 09:30:12 +0800

介紹如何在 Jupyter 環境中使用 itkwidgets 模組，互動式顯示影像或網格等 3D 資料。

itkwidgets 是從 itk-vtk-viewer 所衍生出來的 Python 模組，可以讓使用者在 Jupyter 環境之下顯示各種影像分析相關的資料。

Python 使用 SimpleElastix 處理 3D 影像對準教學與範例

Mon, 20 Jul 2020 14:17:08 +0800

介紹如何使用 Python 與 SimpleElastix 處理 3D 影像對準，並顯示處理結果。

Allen Mouse Brain Common Coordinate Framework

第三代的 Allen Mouse Brain Common Coordinate Framework（簡稱 CCFv3）提供了高解析度的老鼠腦圖譜，這裡我們使用 CCFv3 的腦影像作為基準，將自己的腦影像與 CCFv3 的腦影像進行影像對準。

Python 處理 TIFF 三維立體影像降解析度教學與範例

Thu, 09 Jul 2020 16:04:51 +0800

介紹如何在 Python 中使用 ITK 模組處理 TIFF 檔案序列組成的大型影像。

標準處理方式

如果伺服器的記憶體夠大，足夠容納整個影像的話，可以直接一次將整個影像讀取至記憶體，進行各種處理後，再轉存至輸出檔案中。

使用 ITK 與 OpenVDB 將影像轉為 VDB 格式教學與範例

Fri, 05 Jun 2020 14:36:37 +0800

介紹如何使用 ITK 與 OpenVDB 將三維立體影像轉換為 VDB 格式。

ITK 與 OpenVDB

若要將一般的三維立體影像（volume image）轉換為 VDB 格式，可以使用 ITK 函式庫讀取各種三維立體影像，然後再使用 OpenVDB 函式庫轉為 VDB 的檔案格式，以下是基本的實作程式碼。

ITK 影像處理 C++ 程式 Hello World 編譯教學與範例

Wed, 03 Jun 2020 15:31:26 +0800

介紹如何在 Ubuntu Linux 中建立 ITK 應用程式開發環境，撰寫 ITK 的 hello world 程式。

開發環境

若要開發基本的 ITK C++ 應用程式，除了安裝 ITK 函式庫之外，還要安裝好 CMake 編譯工具。在 Ubuntu Linux 中，可以使用 apt 安裝：

Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像序列檔案

Mon, 25 May 2020 11:07:26 +0800

介紹如何使用 Python 的 SimpleITK 模組讀取 DICOM 影像序列檔案，查看後設資料（metadata）、轉存為其他格式的三維影像檔案。

這裡我們使用 DICOM Library 所提供的 CT 影像作為示範，除此之外 ORS 的網站上面也有提供許多可用來測試的影像檔案。

Python SimpleITK 影像處理教學：合併純量影像製作彩色影像

Thu, 23 Apr 2020 21:35:23 +0800

介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 將兩張灰階影像合併成一張 RGB 彩色影像，評估兩張影像的對準狀況。

在做完影像對準（image registration）的處理之後，通常都會需要以視覺化的方式呈現兩張影像，評估對準的結果，以下是將兩張灰階影像合併為一張 RGB 彩色影像的流程示範。

SimpleElastix 影像對準工具安裝、基本使用教學與範例

Thu, 23 Apr 2020 10:04:45 +0800

介紹如何使用 SimpleElastix 影像對準（image registration）工具，以剛性、線性、非線性的方式對準影像。

安裝 SimpleElastix

從 GitHub 下載 SimpleElastix 的原始碼：

# 下載 SimpleElastix 原始碼
git clone https://github.com/SuperElastix/SimpleElastix

Python SimpleITK 影像處理教學：Extract、Crop、RegionOfInterest 擷取部分影像

Mon, 20 Apr 2020 10:20:00 +0800

介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 將一張影像中的部分區域擷取出來，變成一張小的影像。

SimpleITK 的 Extract 與 Crop 函數可以將一張影像中的部分區域擷取出來，儲存成一張小的影像。

Python SimpleITK 影像處理教學：Shrink 縮小影像

Sun, 19 Apr 2020 06:16:09 +0800

介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 的 Shrink 函數來縮小影像。

顯示影像切面函數

首先定義一個用來顯示影像切面的函數：

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt

# 顯示影像切面
def myShowImage(image, z_index):
    nda = sitk.GetArrayViewFromImage(image)
    slice = nda[z_index,:,:]
    plt.imshow(slice)
    plt.show()

原始影像

這裡我們以 Allen Mouse Brain Atlas 老鼠標準腦的影像為範例，先讀取原始影像，並檢查其影像大小、位置與 voxel size 資訊。

Python SimpleITK 影像處理教學：Paste 貼上影像

Thu, 16 Apr 2020 20:45:31 +0800

介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 將一張影像貼在另外一張影像中。

SimpleITK 的 Paste 函數可以將一張影像貼在另外一張影像中指定的位置，將原本的影像蓋過去。

在影像對準的應用中，我們可以利用這樣的方式擴展基準影像的邊界，方便進行後續的影像對準工作。

Python SimpleITK 影像處理教學：Allen Mouse Brain Atlas 老鼠標準腦

Wed, 15 Apr 2020 20:02:34 +0800

介紹如何在 Python 以 SimpleITK 模組讀取 Allen Mouse Brain Atlas 老鼠標準腦、繪製切面圖，並計算各種基本統計量。

讀取標準腦影像

老鼠的標準腦 volume 影像可從 Allen Mouse Brain Atlas 的網站下載，解壓縮之後即可使用 Python 的 SimpleITK 模組來讀取：

Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像後設資料 Metadata

Wed, 01 Apr 2020 08:09:51 +0800

介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 讀取 DICOM 影像的後設資料（metadata）。

許多的醫學影像（例如 X 光、斷層掃描、各種顯微鏡影像等）都會以 DICOM 的格式儲存，而附帶的實驗相關資訊也都會儲存在 DICOM 標準的 Tags 中，以下介紹如何從 DICOM 檔案中取出這些資訊。

Python SimpleITK 影像處理教學：基本影像讀取與檢視

Tue, 31 Mar 2020 14:52:15 +0800

介紹如何在 Python 中以 SimpleITK 這套影像處理工具，進行基本的影像讀取與檢視工作。

相關文章：
Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像後設資料 Metadata
Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像序列檔案
 Python 使用 Pydicom 讀取、編輯 DICOM 影像檔案教學與範例

Python 以 ITK 轉換影像資料型別教學與範例

Fri, 27 Mar 2020 11:37:45 +0800

介紹如何在 Python 中以 ITK 轉換影像的資料型別，將 unsigned short 的灰階影像轉換為 unsigned char。

安裝 Python 的 ITK 模組

透過 pip3 安裝 Python 的 itk 模組：

# 安裝 Python ITK 模組
pip3 install itk

轉換影像類型

以下是使用 ITK 將 unsigned short 的灰階影像轉換為 unsigned char 灰階影像的 Python 指令稿：

Windows 10 使用 Visual Studio 2019 編譯 ITK 應用程式教學與範例

Thu, 19 Mar 2020 09:02:06 +0800

介紹如何在 Windows 10 中使用微軟的 Visual Studio 2019 編譯 ITK 的應用程式。

ITK（Insight Toolkit）是一套 C++ 影像分析處理函式庫，其編譯與安裝的方式跟 VTK 相當類似，以下是編譯、安裝 ITK 函式庫，以及編譯 ITK 應用程式的步驟。

ITK on G. T. Wang

Python 讀取、顯示 NIfTI 影像教學與範例

ITK 以 LabelStatisticsImageFilter 套用遮罩影像計算統計量教學與範例

建立測試影像與遮罩影像

Python 使用 ITK 讀取、寫入、建立影像教學與範例

ITK 快速讀取、寫入影像檔案

ITK 計算 3D 二元遮罩影像物件數量與體積

讀取原始影像

SimpleITK 計算 2D 二元遮罩影像物件數量與統計值

Jupyter 以 itkwidgets 比較兩個影像差異教學與範例

棋盤式影像比較圖

ITK 樣條曲線 BSpline 非剛性影像對準教學與範例

ITK 有限元素法影像對準 FEM Registration 教學與範例

有限元素法影像對準

ITK 儲存、載入影像 Transform 轉換參數教學與範例

寫入與讀取轉換

ITK 多階段 Multi-Stage 影像對準架構教學與範例

ITK 多層級 Multi-Resolution 影像對準架構教學與範例

SimpleITK 使用 IntensityWindowingImageFilter 轉換影像數值範圍教學與範例

Python ITK 3D 剛性影像對準 Rigid Registration 置中初始化教學與範例

影像對準

SimpleITK 使用 RescaleIntensityImageFilter 轉換影像數值範圍教學與範例

ITK 使用 BinaryMask3DMeshSource 將二元影像轉為 Surface 教學與範例

Python ITK 2D 影像對準 Hello World 教學與範例

ITKv4 影像對準框架

ITK 使用 ScalarImageKmeansImageFilter 進行 K-Means 分群教學與範例

原始影像

Python ITK 線性仿射影像對準 Affine Registration 教學與範例

準備測試用影像

Python ITK 以 Observer 監看影像對準過程教學與範例

Python ITK 影像平移線性對準 Translation Registration 教學與範例

準備測試用影像

Python 使用 ITK SimpleFilterWatcher 監看 Filter 執行狀態教學與範例

Python 使用 ITK ResampleImageFilter 影像座標轉換、重新取樣教學與範例

Python 使用 ITK ImageFileWriter 串流分批寫入大型檔案教學與範例

Python 使用 ITK StreamingImageFilter 串流分批處理大型影像教學與範例

SimpleITK 使用 MaskImageFilter 與 MaskNegatedImageFilter 套用遮罩影像教學與範例

MaskImageFilter 套用遮罩

ITK 使用 TriangleMeshToBinaryImageFilter 將 Surface 轉為二元影像教學與範例

Python 處理 NumPy、SimpleITK 與 ITK 影像互相轉換教學與範例

SimpleITK 轉換為 NumPy 與 ITK

SimpleITK 使用 LabelOverlay 套疊標註影像教學與範例

SimpleITK 使用 LabelToRGBImageFilter 將標註影像轉為 RGB 彩色影像教學與範例

ITK 使用 MeshFileReader 讀取 OBJ 檔案教學與範例

Python 讀取 OBJ 檔案

C++ 讀取 OBJ 檔案

itkwidgets 互動式 Jupyter 影像視覺化工具使用教學與範例

Python 使用 SimpleElastix 處理 3D 影像對準教學與範例

Allen Mouse Brain Common Coordinate Framework

Python 處理 TIFF 三維立體影像降解析度教學與範例

標準處理方式

使用 ITK 與 OpenVDB 將影像轉為 VDB 格式教學與範例

ITK 與 OpenVDB

ITK 影像處理 C++ 程式 Hello World 編譯教學與範例

開發環境

Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像序列檔案

Python SimpleITK 影像處理教學：合併純量影像製作彩色影像

SimpleElastix 影像對準工具安裝、基本使用教學與範例

安裝 SimpleElastix

Python SimpleITK 影像處理教學：Extract、Crop、RegionOfInterest 擷取部分影像

Python SimpleITK 影像處理教學：Shrink 縮小影像

顯示影像切面函數

原始影像

Python SimpleITK 影像處理教學：Paste 貼上影像

Python SimpleITK 影像處理教學：Allen Mouse Brain Atlas 老鼠標準腦

讀取標準腦影像

Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像後設資料 Metadata

Python SimpleITK 影像處理教學：基本影像讀取與檢視

Python 以 ITK 轉換影像資料型別教學與範例

安裝 Python 的 ITK 模組

轉換影像類型

Windows 10 使用 Visual Studio 2019 編譯 ITK 應用程式教學與範例

`MaskImageFilter` 套用遮罩