Python 讀取、顯示 NIfTI 影像教學與範例
本篇介紹如何在 Python 中使用 NiBabel 或 SimpleITK 模組讀取並顯示 NIfTI 影像（.nii、.nii.gz）。 NiBabel 是一個專門用於處理醫學與神經影像的模組，對於 NIfTI 影像格式支援度非常好，而 SimpleITK 則是通用型的影像處理模組，可以在讀取 NIfTI 影像之後，進行各種後續分析。這兩套工具都可以用來查看 NIfTI 影像，以下是操作教學。 ...
ITK
ITK 以 LabelStatisticsImageFilter 套用遮罩影像計算統計量教學與範例
介紹如何使用 ITK 的 LabelStatisticsImageFilter 套用遮罩影像計算各種統計量，包含體積（數量）、加總、平均值、變異數、範圍等。 建立測試影像與遮罩影像 首先使用亂數的方式建立測試用的原始影像，並且手動建立一張測試用的遮罩影像： ...
Python 使用 ITK 讀取、寫入、建立影像教學與範例
介紹如何在 Python 中以 ITK 模組讀取、寫入影像檔案，以及自行建立 ITK 影像的方法。 ITK 快速讀取、寫入影像檔案 對於普通的影像檔案，可以使用 ITK 模組提供的 imread 函數來快速載入，其呼叫之後會立即執行載入檔案的動作，直接傳回影像內容： ...
ITK 計算 3D 二元遮罩影像物件數量與體積
介紹如何在 Python 中使用 ITK 函式庫計算 3D 二元遮罩影像中的物件數量與體積。 讀取原始影像 載入原始的 3D 細胞影像： import itk import itkwidgets # 載入影像 image = itk.imread("3d_monolayer_xy1_ch2.tif") # 查看影像 itkwidgets.view(image) 這裡所使用的 3D 細胞影像可以從 CellProfiler 的 GitHub 網站上取得。 ...
SimpleITK 計算 2D 二元遮罩影像物件數量與統計值
介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 的 ConnectedComponent 取出二元遮罩影像中的物件，計算物件數量與統計值。 我們希望透過影像分割（segmentation）之後的遮罩影像（mask image），自動計算圖片中的細胞數量（或是各種不相連物件的數量）。 ...