DICOM on G. T. Wang

OHIF Viewer 醫學影像平台安裝與設定教學

Fri, 22 Jul 2022 16:14:06 +0800

介紹如何在 Linux 中安裝 OHIF Viewer 醫學影像平台，搭配 Orthanc DICOM 影像伺服器，透過 DICOMweb 協定以網頁瀏覽 DICOM 醫學影像。

OHIF Viewer 是 Open Health Imaging Foundation 所開發的一套開放原始碼的醫學影像平台，提供了基礎的影像平台核心架構，其設計以效能為導向，底層採用 Cornerstone.js 函式庫，並支援標準的 DICOMweb 協定，可用於發展各種醫學影像應用。

醫學影像、標註 NIfTI 轉 DICOM 格式教學與範例

Tue, 26 Apr 2022 13:46:24 +0800

本篇介紹如何使用 Plastimatch、DCMTK 與 dcmqi 等工具，將 NIfTI 格式的醫學影像與標註檔案轉換為 DICOM 檔案格式。

醫學影像 NIfTI 轉 DICOM 格式

若要將 NIfTI 格式（*.nii 或 *.nii.gz）的醫學影像轉為 DICOM 格式，可以使用 Plastimatch 工具，而後續若需要進行進一步的 DICOM 格式編修，可以使用 DCMTK 工具，以下是操作教學。

MONAI Label 醫學影像標註工具安裝使用教學與範例

Thu, 14 Apr 2022 10:29:38 +0800

本篇介紹如何安裝與使用 MONAI Label 醫學影像標註工具，透過持續學習（continuously learning）協助使用者標註影像資料。

DCMTK：DICOM ToolKit 安裝與使用教學與範例

Sat, 26 Mar 2022 14:22:01 +0800

介紹如何在 Ubuntu Linux 中安裝與使用 DCMTK（DICOM ToolKit）工具，進行 DICOM 影像的檢視、建立、轉換、傳送、接收與儲存等動作。

dicomsorter：DICOM 醫療影像檔案與目錄結構整理工具使用教學與範例

Fri, 25 Mar 2022 16:18:40 +0800

介紹各種 DICOM 檔案排序工具的使用方式，以及實際操作範例。

`dicomsorter`

dicomsorter 是一個以 Python 開發的命令列 DICOM 檔案排序與整理工具。

dicomsorter 可以使用 pip 來安裝：

# 安裝 dicomsorter
pip install dicomsorter

其使用方式可參考 --help 參數的輸出訊息。

Orthanc DICOM 影像伺服器安裝與使用教學

Mon, 14 Mar 2022 09:59:55 +0800

介紹如何在 Ubuntu Linux 中安裝與設定 Orthanc DICOM 影像伺服器，並以 Restful API 來操控 PACS 系統。

安裝 Orthanc

若在 Ubuntu Linux 中，可以透過 apt 安裝 Orthanc 伺服器，而除了基礎的 orthanc 套件之外，亦可選擇性安裝需要的外掛（plugin）：

DICOM 影像中文標籤與 UTF-8 編碼儲存問題教學與範例

Tue, 21 Dec 2021 14:53:43 +0800

介紹如何在 Python 中使用 pydicom 模組設定 Specific Character Set，讓 DICOM 標籤以 UTF-8 編碼儲存中文字。

載入 DICOM 檔案

這裏我們載入 pydicom 內建的 DICOM 測試檔案作為示範，關於 pydicom 的基本操作說明，可以參考 Python 使用 Pydicom 讀取、編輯 DICOM 影像檔案教學與範例。

OrthancWSIDicomizer：數位病理全玻片影像 WSI 轉 DICOM 格式工具教學與範例

Wed, 27 Oct 2021 18:28:35 +0800

介紹如何使用 OrthancWSIDicomizer 轉檔工具，將 SVS 格式的數位病理全玻片影像（WSI）轉換為 DICOM 影像格式。

安裝 OrthancWSIDicomizer

若在 Ubuntu Linux 中，OrthancWSIDicomizer 這個工具屬於 orthanc-wsi 套件，可以使用 apt 安裝：

WSI to DICOM Converter 數位病理全玻片影像 SVS 轉 DICOM 格式教學與範例

Tue, 26 Oct 2021 19:33:30 +0800

介紹如何使用 WSI to DICOM Converter 指令工具，將 SVS 格式的數位病理全玻片影像（WSI）轉換為標準的 DICOM 影像格式。

下載與編譯 WSI to DICOM Converter

從 WSI to DICOM Converter 的 GitHub 網站上下載原始碼：

CTP DICOM Anonymizer Tool 影像去識別化指令工具教學與範例

Tue, 26 Oct 2021 08:38:34 +0800

介紹如何使用 CTP 的 DICOM Anonymizer Tool 指令工具，對 DICOM 影像進行去識別化處理。

DicomAnonymizerTool 是一個包含 CTP DicomFilter、DicomPixeAnonymizer 與 DicomAnonymizer 去識別化功能的指令工具，可以對單一 DICOM 影像檔案或整個目錄進行去識別化處理，對於有自動化批次處理需求的使用者來說，可以將此工具整合至自己的程式或指令稿中。

CTP 去識別化 ID 對照表使用教學與範例

Mon, 25 Oct 2021 17:52:31 +0800

介紹如何使用 CTP 的 ID 對照表功能，依據事先定義的 ID 轉換清單，將 DICOM 影像中的含有 PHI 資訊的 ID 資料轉為匿名化或假名化的 ID 識別碼。

CTP Lookup Table 格式

CTP 的對照表（lookup table）功能可以讓 DICOM Anonymizer 在進行去識別化處理時，依據使用者定義的對照表將病人的 PHI 資料（例如 PatientID）轉換為匿名化或假名化的 ID 識別碼，以便連結同病人的其他類型資料。

CTP DICOM Pixel Anonymizer 影像去識別化教學與範例

Sun, 24 Oct 2021 17:46:24 +0800

介紹如何使用 CTP DICOM Pixel Anonymizer 影像去識別化工具，抹除烙印（burned-in）在影像上的個人資料。

CTP DICOM Pixel Anonymizer

CTP DICOM Pixel Anonymizer 是 CTP 處理流程中的一個處理步驟（stages），可依據指令稿所定義的判斷條件，將烙印在 DICOM 影像內的個人資料抹除。

CTP DICOM Filter 影像條件篩選教學與範例

Sat, 23 Oct 2021 19:53:28 +0800

介紹如何透過 CTP DICOM Filter 的語法，撰寫影像篩選條件的指令稿，檢查與過濾 DICOM 影像資料。

CTP DICOM Filter

CTP DICOM Filter 是 CTP 處理流程中的一個處理步驟（stages），可透過指令稿所定義的篩選條件，從處理流程中挑出不符合條件的 DICOM 影像，存放於指定的隔離目錄下。

CTP：DICOM 影像去識別化工具安裝與使用教學與範例

Thu, 21 Oct 2021 11:50:44 +0800

介紹如何安裝與使用 RSNA MIRC CTP 去識別化（de-identification）工具，對 DICOM 影像進行匿名化（anonymization）與假名化（pseudonymization）處理，清除影像中的個人資料。

DICOM 影像標準驗證工具 dciodvfy、dcentvfy 使用教學與範例

Tue, 19 Oct 2021 11:08:23 +0800

本文介紹如何使用 Dicom3tools 工具組中的 dciodvfy 與 dcentvfy 指令驗證醫學影像是否符合 DICOM 標準。

dciodvfy 與 dcentvfy 兩個指令都包含在 Dicom3tools 工具組中，安裝方式請參考 DICOM 影像工具 Dicom3tools：編譯、安裝、使用教學與範例。

DICOM 醫療影像網路資源整理

Thu, 14 Oct 2021 15:24:34 +0800

整理各種 DICOM 醫療影像相關之網路資源，包含 DICOM 標準、軟體、系統、測試用檔案等。

DICOM 相關網站

DICOM 相關軟體

測試 DICOM 影像檔案

以下整理了一些網路上可以免費取得的 DICOM 影像測試檔案，可用於程式的開發與測試。

DICOM 影像工具 Dicom3tools：編譯、安裝、使用教學與範例

Thu, 14 Oct 2021 11:39:57 +0800

介紹如何在 Windows、macOS 與 Linux 平台上編譯、安裝與使用 Dicom3tools 這套 DICOM 影像工具組。

Dicom3tools 是一套開放原始碼的 DICOM 影像工具組，此工具組中包含了許多的 DICOM 檔案處理指令工具，對於批次處理大量 DICOM 檔案來說非常有用。

Python 使用 Pydicom 讀取 Overlay 影像資訊教學與範例

Mon, 04 Oct 2021 15:40:54 +0800

介紹如何在 Python 中使用 Pydicom 模組，讀取並顯示 DICOM 檔案中的 Overlay 影像內容與相關資訊。

DICOM 的 Overlays 資訊

DICOM 的 Overlays 可以用來儲存最多 16 張單位元（one bit）的影像（群組編號從 6000、6002 到 601E），個別的群組（group）中有各自對應的相關資訊元素（例如 Overlay 的影像尺寸等）。

Python 使用 Pydicom 讀取、寫入 DICOM 波形資料教學與範例

Fri, 16 Jul 2021 15:59:53 +0800

介紹如何在 Python 中使用 Pydicom 模組讀取與寫入 DICOM 格式的波形資料。

DICOM 波形資料

在 DICOM 的標準中，有許多的 IOD 都有包含波形的資料，例如 12-Lead ECG、Respiratory Waveform 與 Real-Time Audio Waveform，這些 IOD 都使用 Waveform Module 來儲存一條或多條波形的資料。

Python 使用 VTK 讀取 DICOM 影像教學與範例

Sun, 29 Nov 2020 17:39:05 +0800

介紹如何在 Python 中使用 VTK 函式庫讀取 DICOM 影像。

`vtkDICOMImageReader` 讀取單一檔案 DICOM 影像

若要以 VTK 讀取單一檔案的 DICOM 影像，可以使用 vtkDICOMImageReader 並指定檔案位置即可：

import vtk

# 建立 vtkDICOMImageReader
dicomReader = vtk.vtkDICOMImageReader()

# 指定 DICOM 檔案
dicomReader.SetFileName("myfile.dcm")

# 讀取 DICOM 影像
dicomReader.Update()

# 取得 DICOM 影像
img = dicomReader.GetOutput()

# 顯示影像資訊
print("Scalar Type:", img.GetScalarTypeAsString())
print("Origin:", img.GetOrigin())
print("Extend:", img.GetExtent())
print("Spacing:", img.GetSpacing())

`vtkDICOMImageReader` 讀取 DICOM 影像序列

vtkDICOMImageReader 亦可用於讀取 DICOM 影像序列，只要指定 DICOM 序列檔案的所在目錄即可：

SimpleITK 使用 RescaleIntensityImageFilter 轉換影像數值範圍教學與範例

Sun, 08 Nov 2020 15:01:30 +0800

介紹如何使用 SimpleITK 的 RescaleIntensityImageFilter 對影像的像素值進行線性轉換。

相關文章：
SimpleITK 使用 IntensityWindowingImageFilter 轉換影像數值範圍教學與範例

首先從 DICOM 影像序列讀取 3D 影像資料：

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt

# DICOM 影像序列檔案所在目錄
dicom_folder = "/mnt/data/ct_image"

# 建立影像序列 Reader
reader = sitk.ImageSeriesReader()

# 取得所有 DICOM 影像的 Series IDs
series_ids = reader.GetGDCMSeriesIDs(dicom_folder)

# 取得指定 Series ID 的 DICOM 影像序列檔案名稱
dicom_filenames = reader.GetGDCMSeriesFileNames(dicom_folder, series_ids[])

# 設定 DICOM 影像序列檔案名稱
reader.SetFileNames(dicom_filenames)

# 實際讀取影像內容
image = reader.Execute()

確認影像的大小：

Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像序列檔案

Mon, 25 May 2020 11:07:26 +0800

介紹如何使用 Python 的 SimpleITK 模組讀取 DICOM 影像序列檔案，查看後設資料（metadata）、轉存為其他格式的三維影像檔案。

這裡我們使用 DICOM Library 所提供的 CT 影像作為示範，除此之外 ORS 的網站上面也有提供許多可用來測試的影像檔案。

Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像後設資料 Metadata

Wed, 01 Apr 2020 08:09:51 +0800

介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 讀取 DICOM 影像的後設資料（metadata）。

許多的醫學影像（例如 X 光、斷層掃描、各種顯微鏡影像等）都會以 DICOM 的格式儲存，而附帶的實驗相關資訊也都會儲存在 DICOM 標準的 Tags 中，以下介紹如何從 DICOM 檔案中取出這些資訊。

Python SimpleITK 影像處理教學：基本影像讀取與檢視

Tue, 31 Mar 2020 14:52:15 +0800

介紹如何在 Python 中以 SimpleITK 這套影像處理工具，進行基本的影像讀取與檢視工作。

相關文章：
Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像後設資料 Metadata
Python SimpleITK 影像處理教學：讀取 DICOM 影像序列檔案
 Python 使用 Pydicom 讀取、編輯 DICOM 影像檔案教學與範例

Python DICOM 影像分析預處理教學與範例

Sun, 29 Mar 2020 18:14:46 +0800

介紹如何使用 Python 的各種影像相關模組，進行 DICOM 影像分析的預處理（pre-processing）。

讀取 DICOM 影像檔案

若要讀取 DICOM 檔案，可以使用 Pydicom 模組的 dcmread 函數，這裡我們使用 Pydicom 附帶的測試 DICOM 檔案作為示範。

Python 使用 Pydicom 讀取、編輯 DICOM 影像檔案教學與範例

Sat, 28 Mar 2020 18:48:53 +0800

介紹如何在 Python 中使用 Pydicom 模組，讀取與編輯 DICOM 影像檔案的內容。

Python 的 Pydicom 模組是一套非常完整的 DICOM 影像檔案處理工具，可以讀取、編輯或寫入 DICOM 檔案，以下是基本的使用教學與範例。