https://blog.gtwang.org/tags/%E6%95%B8%E4%BD%8D%E7%97%85%E7%90%86%E5%85%A8%E7%8E%BB%E7%89%87%E5%BD%B1%E5%83%8Fwsi/ Recent content in 數位病理全玻片影像（WSI） on G. T. Wang Hugo -- 0.162.0 zh-tw G. T. Wang Wed, 27 Oct 2021 20:12:53 +0800 https://blog.gtwang.org/python/openphi-philips-isyntax-whole-slide-image-pathology-wsi-tutorial-examples/ Wed, 27 Oct 2021 20:12:53 +0800 https://blog.gtwang.org/python/openphi-philips-isyntax-whole-slide-image-pathology-wsi-tutorial-examples/ <p>介紹如何使用 Python 的 OpenPhi 模組，讀取 PHILIPS iSyntax 格式的數位病理全玻片影像（WSI）。</p> <p> <ins class="adsbygoogle" style="display:block" data-ad-client="ca-pub-7794009487786811" data-ad-slot="9921134032" data-ad-format="auto" data-full-width-responsive="true"></ins> <script> (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); </script> </p> <h2 id="philips-isyntax">PHILIPS iSyntax</h2> <p>iSyntax 是 PHILIPS 公司所使用的 WSI 影像格式，應用小波轉換技術加速 WSI 影像縮放與平移動作，並且也避免了「金字塔」格式在低倍率圖像的冗餘存儲，大幅降低影像檔案大小，降幅達 25%，除此之外 iSyntax 格式也沒有位元深度（bit-depths）與通道（channels）數上限，詳細的說明可以參考 <a href="https://www.usa.philips.com/healthcare/sites/pathology/about/sdk">PHILIPS Pathology SDK</a>。</p> https://blog.gtwang.org/useful-tools/orthanc-wsi-dicomizer-svs-whole-slide-image-to-dicom-tutorial-examples/ Wed, 27 Oct 2021 18:28:35 +0800 https://blog.gtwang.org/useful-tools/orthanc-wsi-dicomizer-svs-whole-slide-image-to-dicom-tutorial-examples/ <p>介紹如何使用 OrthancWSIDicomizer 轉檔工具，將 SVS 格式的數位病理全玻片影像（WSI）轉換為 DICOM 影像格式。</p> <p> <ins class="adsbygoogle" style="display:block" data-ad-client="ca-pub-7794009487786811" data-ad-slot="9921134032" data-ad-format="auto" data-full-width-responsive="true"></ins> <script> (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); </script> </p> <h2 id="安裝-orthancwsidicomizer">安裝 OrthancWSIDicomizer</h2> <p>若在 Ubuntu Linux 中，OrthancWSIDicomizer 這個工具屬於 <code>orthanc-wsi</code> 套件，可以使用 <code>apt</code> 安裝：</p> https://blog.gtwang.org/useful-tools/wsi-to-dicom-converter-svs-whole-slide-image-to-dicom-tutorial-examples/ Tue, 26 Oct 2021 19:33:30 +0800 https://blog.gtwang.org/useful-tools/wsi-to-dicom-converter-svs-whole-slide-image-to-dicom-tutorial-examples/ <p>介紹如何使用 WSI to DICOM Converter 指令工具，將 SVS 格式的數位病理全玻片影像（WSI）轉換為標準的 DICOM 影像格式。</p> <p> <ins class="adsbygoogle" style="display:block" data-ad-client="ca-pub-7794009487786811" data-ad-slot="9921134032" data-ad-format="auto" data-full-width-responsive="true"></ins> <script> (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); </script> </p> <h2 id="下載與編譯-wsi-to-dicom-converter">下載與編譯 WSI to DICOM Converter</h2> <p>從 <a href="https://github.com/GoogleCloudPlatform/wsi-to-dicom-converter">WSI to DICOM Converter 的 GitHub 網站</a>上下載原始碼：</p>