整理 R 語言中幾個重要的譜系學套件，並簡單介紹其基本使用方式。
安裝譜系學套件
在眾多的譜系學套件中，最重要的核心就是 ape 這個套件，如果要安裝這個套件，可直接從 R 官方的 CRAN 套件庫下載安裝：
# 安裝 ape 套件
install.packages("ape")
在 R 官方的 CRAN Task View 網頁中，有整理出非常多譜系學（Phylogenetics）相關的 R 套件，如果希望一次將所有譜系學相關的套件都安裝起來，可以使用 ctv（CRAN Task View）這個套件來自動安裝：
# 安裝並載入 ctv 套件
install.packages('ctv')
library('ctv')
# 安裝 Phylogenetics 這個 CRAN Task View 下的所有套件
install.views('Phylogenetics')
# 更新 Phylogenetics 這個 CRAN Task View 下的所有套件
update.views('Phylogenetics')
載入 ape 套件
ape 這個套件的功能非常豐富，使用前先載入套件：
# 載入 ape 套件
library(ape)
接下來就可以開始使用 ape 套件的各項功能了。
讀取 DNA 序列資料
ape 所提供的 read.dna 函數可以從檔案讀取 DNA 的序列資料，常見的幾種文字格式它都支援，例如讀取普通的 sequential 格式的 DNA 序列資料：
# 建立 sequential 格式的 DNA 序列資料
cat("3 40",
"No305 NTTCGAAAAACACACCCACTACTAAAANTTATCAGTCACT",
"No304 ATTCGAAAAACACACCCACTACTAAAAATTATCAACCACT",
"No306 ATTCGAAAAACACACCCACTACTAAAAATTATCAATCACT",
file = "dna1.txt", sep = "n")
# 讀取 sequential 格式的 DNA 序列資料
dna1 <- read.dna("dna1.txt", format = "sequential")
讀取 interleaved 格式的 DNA 序列資料：
# 建立 interleaved 格式的 DNA 序列資料
cat("3 40",
"No305 NTTCGAAAAA CACACCCACT",
"No304 ATTCGAAAAA CACACCCACT",
"No306 ATTCGAAAAA CACACCCACT",
" ACTAAAANTT ATCAGTCACT",
" ACTAAAAATT ATCAACCACT",
" ACTAAAAATT ATCAATCACT",
file = "dna2.txt", sep = "n")
# 讀取 interleaved 格式的 DNA 序列資料
dna2 <- read.dna("dna2.txt")
讀取 clustal 格式的 DNA 序列資料：
# 建立 clustal 格式的 DNA 序列資料
cat("CLUSTAL (ape) multiple sequence alignment", "",
"No305 NTTCGAAAAACACACCCACTACTAAAANTTATCAGTCACT",
"No304 ATTCGAAAAACACACCCACTACTAAAAATTATCAACCACT",
"No306 ATTCGAAAAACACACCCACTACTAAAAATTATCAATCACT",
" ************************** ****** ****",
file = "dna3.txt", sep = "n")
# 讀取 clustal 格式的 DNA 序列資料
dna3 <- read.dna("dna3.txt", format = "clustal")
讀取 FASTA 格式的 DNA 序列資料：
# 建立 FASTA 格式的 DNA 序列資料
cat(">No305",
"NTTCGAAAAACACACCCACTACTAAAANTTATCAGTCACT",
">No304",
"ATTCGAAAAACACACCCACTACTAAAAATTATCAACCACT",
">No306",
"ATTCGAAAAACACACCCACTACTAAAAATTATCAATCACT",
file = "dna4.fas", sep = "n")
# 讀取 FASTA 格式的 DNA 序列資料
dna4 <- read.dna("dna4.fas", format = "fasta")
資料格式並不會影響資料的內容，不管用那一種資料格式，讀取進來之後的資料都是相同的，我們可以使用 identical 來驗證：
# 檢查各種資料格式讀取的結果
identical(dna1, dna2)
identical(dna1, dna3)
identical(dna1, dna4)
若要從 ZIP 壓縮檔案中直接讀取 DNA 序列的資料，只要先用 unz 函數解壓縮之後，再交給 read.dna 讀取即可：
# 建立 ZIP 壓縮檔
zip("dna5.fas.zip", "dna4.fas")
# 從 ZIP 壓縮檔中讀取 DNA 序列資料
dna5 <- read.dna(unz("dna5.fas.zip", "dna4.fas"), "fasta")
若要讀取 GZIP 壓縮格式的 DNA 序列，則可先用 gzfile 解壓縮，然後再以 read.dna 讀取：
# 建立 GZ 壓縮檔
gz.con <- gzfile("dna6.fas.gz", "wt")
cat(">No305", "NTTCGAAAAACACACCCACTACTAAAANTTATCAGTCACT",
">No304", "ATTCGAAAAACACACCCACTACTAAAAATTATCAACCACT",
">No306", "ATTCGAAAAACACACCCACTACTAAAAATTATCAATCACT",
file = gz.con, sep = "n")
close(gz.con)
# 從 GZ 壓縮檔中讀取 DNA 序列資料
dna6 <- read.dna(gzfile("dna6.fas.gz"), "fasta")
壓縮格式也同樣不會對資料本身產生影響：
# 檢查各種資料格式讀取的結果
identical(dna5, dna4)
identical(dna6, dna4)
建立距離矩陣
在建立樹狀圖之前，必須先要計算距離矩陣，這裡我們以 woodmouse 資料集作為示範。
# 載入 woodmouse 資料集
data(woodmouse)
若要計算 DNA 序列資料的距離矩陣，可以使用 ape 套件所提供的 dist.dna 函數：
# 建立距離矩陣
dist.k80 <- dist.dna(woodmouse, model = "K80")
dist.dna 支援非常多種計算距離矩陣的演算法，若要使用不同的演算法可以透過 model 參數來指定。
建立樹狀圖
有了距離矩陣之後，就可以呼叫 nj 函數，以近鄰結合法（neighbor-joining）產生樹狀結構：
# 以近鄰結合法建立樹狀圖
phy.k80 <- ape::nj(dist.k80)
繪製樹狀圖
nj 所產生的樹狀結構是一個 phylo 物件，可以直接交給 plot 畫出樹狀圖：
# 繪製樹狀圖
plot(phy.k80, edge.width = 2)
亦可畫出不同類型的樹狀圖：
# cladogram 類型的樹狀圖
plot(phy.k80, type = "cladogram", edge.width = 2)
若想要知道 plot 在繪製 phylo 的樹狀圖時可以使用的參數有哪些，可以查詢 plot.phylo 的線上說明：
?plot.phylo
若想要標記樹狀圖之中的邊或節點，可以使用 edgelabels、tiplabels 與 nodelabels 來加入文字標示。
匯出 DNA 序列資料
若要將 R 中的 DNA 序列資料匯出至檔案，可以使用 ape 套件所提供的 write.dna 函數：
# 將 DNA 序列資料以 sequential 格式匯出
write.dna(woodmouse, file = "output1.txt", format = "sequential")
# 將 DNA 序列資料以 interleaved 格式匯出
write.dna(woodmouse, file = "output2.txt", format = "interleaved")
# 將 DNA 序列資料以 FASTA 格式匯出
write.dna(woodmouse, file = "output3.fas", format = "fasta")
write.dna 函數在處理較長的 DNA 序列資料時，速度會比較緩慢，此時建議可以改用 write.FASTA 函數：
# 將大量 DNA 序列資料以 FASTA 格式匯出
write.FASTA(woodmouse, file = "output4.fas")