這裡介紹 R 資料輸入與輸出的基本技巧，包含 R 程式碼、文字資料的讀取與儲存，以及圖形檔案的輸出。
在使用 R 分析資料時，資料的來源是整個分析流程中不可缺少的環節，而分析的結果也常常需要輸出成文字報表，或是以圖形檔案的方式呈現，以下將介紹 R 中最基本的程式碼指令稿運用、資料讀取與儲存技巧，還有各種點陣圖與向量圖的輸出方式。
通常使用者以 R 撰寫程式碼時，都會將寫好的程式碼儲存在指令稿（.R 檔）檔案中，方便程式碼重複使用。若要從 R 中載入並執行指令稿中的程式碼，可以使用 source 指令，例如：
source("script.R")
source 預設在執行指令稿中的 R 程式碼時，除非遇到有呼叫 print 這類的輸出函數，否則不會有特別的輸出訊息，如果想要讓 R 在執行程式時，可以順便輸出執行的內容（就像自己複製與貼上程式碼一樣），可以加上 echo = TRUE 參數：
source("script.R", echo = TRUE)
> set.seed(1) > (test.x <- runif(5)) [1] 0.2655087 0.3721239 0.5728534 0.9082078 0.2016819
如果要將 R 中執行過的歷史指令儲存在檔案中，可以使用 savehistory 指令：
savehistory("my_history.R")
這樣就會將 R 的指令儲存成一般的 .R 指令稿，也就是說這個指令稿也可以使用 source 來執行。若要載入檔案中的歷史指令，可以使用 loadhistory 指令：
loadhistory("my_history.R")
R 的 datasets 套件提供了大約 100 個內建的資料集，使用 data 函數可以列出所有可用的資料集：
data()
這些資料都可以透過其名稱直接取用：
head(iris)
Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species 1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa 2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa 3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa 4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa 5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa 6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa
csv 檔是一種以逗點分隔欄位的資料檔，大多數的應用程式都會支援這種檔案格式。
假設外部的 CSV 檔 data-1.csv 內容如下：
Price,Floor,Area,Rooms,Age,Cent.heat 52.00,111.0,830,5,6.2,no 54.75,128.0,710,5,7.5,no 57.50,131.0,690,6,8.8,no 59.75,93.0,900,5,1.9,yes
read.csv 函數可以讀取外部的 CSV 檔：
read.csv("data-1.csv")
Price Floor Area Rooms Age Cent.heat 1 52.00 111 830 5 6.2 no 2 54.75 128 710 5 7.5 no 3 57.50 131 690 6 8.8 no 4 59.75 93 900 5 1.9 yes
sep 參數可指定分隔字元：
read.csv("data-tab-1.csv", sep = "t")
read.csv 亦可接受 URL：
read.csv("http://www.your.host/data.csv")
假設外部的文字檔 data-2.txt 內容如下：
31 2 3 9 32 342 34 33 34 23 234 29 29 73 63 56 32 36 98 32
scan 可以將檔案中的資料直接讀取進來，變成一個向量：
scan("data-2.txt")
Read 20 items [1] 31 2 3 9 32 342 34 33 34 23 234 29 29 73 63 56 32 36 98 [20] 32
如果文字檔案的內容比較複雜，有文字與數值參雜時，可以根據資料的格式自行定義樣板，讓 scan 依照樣板讀取資料。
假設文字檔 data-3.txt 每一筆資料包含一個字串與兩個數值：
John 2.4 33 Joe 3.2 12 Mary 9.2 11 Dan 6 23 Willy 3.9 33
使用 scan 配合樣板讀取資料：
scan("data-3.txt", list(name = "", val.a = 0, val.b = 0))
Read 5 records $name [1] "John" "Joe" "Mary" "Dan" "Willy" $val.a [1] 2.4 3.2 9.2 6.0 3.9 $val.b [1] 33 12 11 23 33
假設文字檔 data-4.txt 都是一些字元，例如：
Mary Joe John Willy Dan
則使用：
scan("data-4.txt", "")
Read 5 items [1] "Mary" "Joe" "John" "Willy" "Dan"
如果想要讓程式的輸出訊息直接儲存至檔案，可以使用 sink 函數：
sink("sink-example.txt") i <- 1:3 outer(i, i, "*") sink()
輸出的 sink-example.txt 為：
[,1] [,2] [,3] [1,] 1 2 3 [2,] 2 4 6 [3,] 3 6 9
save 函數可以將變數儲存於硬碟中：
x <- c(1.2, 3.4, 5.6) y <- x ^ 2 save(x, y, file = "xy.RData")
load 函數則可將儲存的變數載入：
rm(list = ls()) load("xy.RData") ls.str()
x : num [1:3] 1.2 3.4 5.6 y : num [1:3] 1.44 11.56 31.36
save 函數預設在儲存資料時會使用 gzip 壓縮格來儲存，如果要儲存的資料非常大，可以更改壓縮的演算法：
x.large <- runif(10^6) object.size(x.large) save(x.large, file = "compress.xz", compress = "xz")
以下是用各種壓縮格式所產生的檔案大小比較：
| 壓縮格式 | 壓縮檔大小 |
|---|---|
gzip（預設值） |
5.3 MB |
bzip2 |
4.8 MB |
xz |
4.4 MB |
如果要儲存單一個變數，也可以使用 saveRDS 來將資料儲存為 rds 檔：
saveRDS(women, "women.rds")
若要從 rds 檔案中載入變數，可以使用 readRDS 函數：
women2 <- readRDS("women.rds") identical(women, women2)
若要將 R 的 data frame 輸出為 csv 檔，可以使用 write.csv 函數：
write.csv(cars, file = "output-cars.csv")
write.table 函數的功能與 write.csv 類似，但可用 sep 指定分隔字元：
write.table(cars, file = "output-cars.csv", sep = "t")
png 函數可以將圖形輸出為 png 點陣圖檔：
set.seed(5) x <- rnorm(100) png("output.png", width = 640, height = 360) # 設定輸出圖檔 hist(x) # 繪圖 dev.off() # 關閉輸出圖檔
輸出的圖形為：
jpeg、tiff 與 bmp 這些函數也可以將圖形輸出成各種不同的點陣圖檔，使用方式跟 png 函數都相同。
若要輸出向量圖，可以使用 pdf 或是 svg 函數：
pdf("output.pdf", width = 4, height = 3) hist(x) dev.off()
如果要將 R 所繪製的圖形放在 LaTeX 中使用，可以使用 postscript 指令輸出成適用於 LaTeX 環境的 eps 向量圖檔：
postscript("output.eps", width = 4.0, height = 3.0, horizontal = FALSE, onefile = FALSE, paper = "special", family = "ComputerModern", encoding = "TeXtext.enc") hist(x) dev.off()
如果使用 ggplot2 套件在指令稿中畫圖時，必須加上 print 才能使圖形檔案正常輸出：
pdf("output.pdf", width = 4, height = 3) print(qplot(x)) dev.off()
ggplot2 本身也提供了一個 ggsave 圖形輸出函數，它可以在 R 互動式的操作模式中，將已經畫在螢幕上的圖形輸出為圖檔：
qplot(x) ggsave("plot.pdf", width = 4, height = 3)
