介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 的 Shrink 函數來縮小影像。

顯示影像切面函數

首先定義一個用來顯示影像切面的函數：

import SimpleITK as sitk
import matplotlib.pyplot as plt

# 顯示影像切面
def myShowImage(image, z_index):
    nda = sitk.GetArrayViewFromImage(image)
    slice = nda[z_index,:,:]
    plt.imshow(slice)
    plt.show()

原始影像

這裡我們以 Allen Mouse Brain Atlas 老鼠標準腦的影像為範例，先讀取原始影像，並檢查其影像大小、位置與 voxel size 資訊。

# 讀取 Allen Mouse Brain Atlas 影像
image = sitk.ReadImage("atlasVolume/atlasVolume.mhd")
print("Size:", image.GetSize())
print("Origin:", image.GetOrigin())
print("Spacing", image.GetSpacing())

Size: (528, 320, 456)
Origin: (0.0, 0.0, 0.0)
Spacing (25.0, 25.0, 25.0)

顯示影像切面：

# 顯示影像切面
myShowImage(image, 228)

原始影像切面

縮小影像

若要將影像縮小，可以使用 SimpleITK 的 Shrink 函數，呼叫此函數時除了指定輸入的原始影像之外，還要另外指定一個縮小比例，此縮小比例是一個向量，分別指定每一個軸的縮小比例。

若要將三維的影像在 x、y、z 軸方向各縮小成一半，則可將縮小比例指定為 [2, 2, 2]：

# 縮小影像
image_small = sitk.Shrink(image, [2, 2, 2])
print("Size:", image_small.GetSize())
print("Origin:", image_small.GetOrigin())
print("Spacing", image_small.GetSpacing())

Size: (264, 160, 228)
Origin: (12.5, 12.5, 12.5)
Spacing (50.0, 50.0, 50.0)

顯示縮小影像的切面：

# 顯示影像切面
myShowImage(image_small, 228 // 2)

縮小影像切面

三個軸的縮小比例可以不同：

# 縮小影像
image_small2 = sitk.Shrink(image, [3, 4, 5])
print("Size:", image_small2.GetSize())
print("Origin:", image_small2.GetOrigin())
print("Spacing", image_small2.GetSpacing())

Size: (176, 80, 91)
Origin: (25.0, 37.5, 62.5)
Spacing (75.0, 100.0, 125.0)

顯示縮小影像的切面：

# 顯示影像切面
myShowImage(image_small2, 228 // 5)

縮小影像切面