Python 以 NumPy 的 unique 函數篩選陣列不重複元素教學與範例
介紹如何在 Python 中使用 NumPy 模組的 unique 函數列出陣列中所有不重複的元素，並統計每個元素出現的次數。 列出不重複元素 在 Python 中我們可以使用 numpy 模組的 unique 函數列出串列（list）中所有不重複的元素： ...
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ITK 計算 3D 二元遮罩影像物件數量與體積
介紹如何在 Python 中使用 ITK 函式庫計算 3D 二元遮罩影像中的物件數量與體積。 讀取原始影像 載入原始的 3D 細胞影像： import itk import itkwidgets # 載入影像 image = itk.imread("3d_monolayer_xy1_ch2.tif") # 查看影像 itkwidgets.view(image) 這裡所使用的 3D 細胞影像可以從 CellProfiler 的 GitHub 網站上取得。 ...
SimpleITK 計算 2D 二元遮罩影像物件數量與統計值
介紹如何在 Python 中使用 SimpleITK 的 ConnectedComponent 取出二元遮罩影像中的物件，計算物件數量與統計值。 我們希望透過影像分割（segmentation）之後的遮罩影像（mask image），自動計算圖片中的細胞數量（或是各種不相連物件的數量）。 ...
VTK 使用 vtkDiscreteMarchingCubes 將二元遮罩影像轉為 Mesh 網格教學與範例
介紹如何在 Python 中使用 VTK 的 vtkDiscreteMarchingCubes 將二元遮罩影像轉為 Mesh 網格，並進行平滑化處理。 相關文章： ITK 使用 BinaryMask3DMeshSource 將二元影像轉為 Surface 教學與範例 ITK 使用 TriangleMeshToBinaryImageFilter 將 Surface 轉為二元影像教學與範例 ...
Jupyter 以 itkwidgets 比較兩個影像差異教學與範例
介紹如何在 Jupyter 環境中使用 itkwidgets 的棋盤式與並列式影像比較圖，比較兩張 3D 影像的差異。 棋盤式影像比較圖 首先引入 itk 與 itkwidgets 模組，並以 itk 的 imread 讀取影像： import itk import itkwidgets # 以 ITK 讀取兩張影像 image1 = itk.imread("brainweb165a10f17.mha") image2 = itk.imread("brainweb1e1a10f20.mha") 使用 itkwidgets 的 checkerboard 函數可以繪製棋盤式的影像比較圖，其中的 pattern 參數可以用來調整格子的數量，這個數量也可以在互動式的操作介面上調整： ...