OpenPhi 讀取 PHILIPS iSyntax 數位病理全玻片影像 WSI 教學與範例

介紹如何使用 Python 的 OpenPhi 模組,讀取 PHILIPS iSyntax 格式的數位病理全玻片影像(WSI)。 PHILIPS iSyntax iSyntax 是 PHILIPS 公司所使用的 WSI 影像格式,應用小波轉換技術加速 WSI 影像縮放與平移動作,並且也避免了「金字塔」格式在低倍率圖像的冗餘存儲,大幅降低影像檔案大小,降幅達 25%,除此之外 iSyntax 格式也沒有位元深度(bit-depths)與通道(channels)數上限,詳細的說明可以參考 PHILIPS Pathology SDK。 ...

October 27, 2021 · G. T. Wang

OrthancWSIDicomizer:數位病理全玻片影像 WSI 轉 DICOM 格式工具教學與範例

介紹如何使用 OrthancWSIDicomizer 轉檔工具,將 SVS 格式的數位病理全玻片影像(WSI)轉換為 DICOM 影像格式。 安裝 OrthancWSIDicomizer 若在 Ubuntu Linux 中,OrthancWSIDicomizer 這個工具屬於 orthanc-wsi 套件,可以使用 apt 安裝: ...

October 27, 2021 · G. T. Wang

WSI to DICOM Converter 數位病理全玻片影像 SVS 轉 DICOM 格式教學與範例

介紹如何使用 WSI to DICOM Converter 指令工具,將 SVS 格式的數位病理全玻片影像(WSI)轉換為標準的 DICOM 影像格式。 下載與編譯 WSI to DICOM Converter 從 WSI to DICOM Converter 的 GitHub 網站上下載原始碼: ...

October 26, 2021 · G. T. Wang

CTP DICOM Anonymizer Tool 影像去識別化指令工具教學與範例

介紹如何使用 CTP 的 DICOM Anonymizer Tool 指令工具,對 DICOM 影像進行去識別化處理。 DicomAnonymizerTool 是一個包含 CTP DicomFilter、DicomPixeAnonymizer 與 DicomAnonymizer 去識別化功能的指令工具,可以對單一 DICOM 影像檔案或整個目錄進行去識別化處理,對於有自動化批次處理需求的使用者來說,可以將此工具整合至自己的程式或指令稿中。 ...

October 26, 2021 · G. T. Wang

CTP 去識別化 ID 對照表使用教學與範例

介紹如何使用 CTP 的 ID 對照表功能,依據事先定義的 ID 轉換清單,將 DICOM 影像中的含有 PHI 資訊的 ID 資料轉為匿名化或假名化的 ID 識別碼。 CTP Lookup Table 格式 CTP 的對照表(lookup table)功能可以讓 DICOM Anonymizer 在進行去識別化處理時,依據使用者定義的對照表將病人的 PHI 資料(例如 PatientID)轉換為匿名化或假名化的 ID 識別碼,以便連結同病人的其他類型資料。 ...

October 25, 2021 · G. T. Wang