Red Hat Enterprise Linux 7.3 編譯與安裝 R 語言執行環境教學

本篇介紹如何在 Red Hat Enterprise Linux 7.3 系統中，自行編譯與安裝 R 語言執行環境。

R 語言的安裝在大部分的 Linux 發行版中，都可以使用套件的方式安裝（例如 apt 或 yum 等），在某些特殊需求下才會需要使用自己編譯的方式來安裝（例如沒有管理者權限的時候）。

自行編譯 R 語言執行環境

首先從 R 的官方網站上下載最新的原始碼：

wget https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.5.0.tar.gz

解壓縮下載下來的壓縮檔：

tar zxvf R-3.5.0.tar.gz

進入 R 的原始碼目錄：

cd R-3.5.0/

查看一下 configure 所提供的參數有哪些：

./configure --help

自己調整一下需要的參數，然後執行 configure：

./configure --prefix=/opt/rproject/R-3.5.0 \
  --enable-R-shlib \
  --with-blas \
  --with-lapack \
  --enable-memory-profiling

其中的 --prefix 參數是指定 R 的安裝路徑，這一個參數是一定要設定的，其餘大部分的參數大概都不需要特別去調整。

如果伺服器的 CPU 核心數很多的話，可以使用平行化的方式加快編譯速度。編譯之前，先看一下伺服器的 CPU 核心數：

lscpu

Architecture:          x86_64
CPU op-mode(s):        32-bit, 64-bit
Byte Order:            Little Endian
CPU(s):                40
[略]

CPU(s) 這個欄位就是 CPU 的核心數，以我的這台伺服器來說是 40 核心。接著我使用 20 個 CPU 核心來平行編譯 R 的原始碼：

make -j20

編譯完成後，進行安裝：

make install

安裝完成後，測試 R 是否可以正常執行：

/opt/rproject/R-3.5.0/bin/R

若可以正常使用，就表示已經裝好了。

安裝套件

由於 R 的套件數量非常龐大，一般來說都是在需要的時候才會進行安裝，不會一開始把所有的套件裝上去，如果真的要一次把官方 CRAN 上面所有的套件裝上去的話，可以使用以下的 R 指令。

# 取得已安裝的套件名稱
installed.pkgs <- installed.packages()
installed.name <- names(installed.pkgs[,'Package'])

# 取得所有可安裝的套件名稱
available.name <- names(available.packages()[,1])

# 產生尚未安裝的套件名稱
install.name <- available.name[!available.name %in% installed.name]

# 安裝所有尚未安裝的套件
install.packages(install.name)

一次安裝所有套件的話，請注意硬碟空間是否充足。

Bioconductor

安裝 Bioconductor 基本的核心套件：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

若要安裝指定的 Bioconductor 套件，可以使用以下 R 指令：

# 安裝 GenomicFeatures 與 AnnotationDbi 這兩個 Bioconductor 套件
biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi"))

Bioconductor 所收錄的套件數量也是相當多，正常來說也是不會一次都把所有的套件都裝起來，若要一次安裝所有的套件，可以執行以下 R 指令：

# 安裝所有 Bioconductor 套件
biocLite(all_group())