免費工具 on G. T. Wang

醫學影像、標註 NIfTI 轉 DICOM 格式教學與範例

Tue, 26 Apr 2022 13:46:24 +0800

本篇介紹如何使用 Plastimatch、DCMTK 與 dcmqi 等工具，將 NIfTI 格式的醫學影像與標註檔案轉換為 DICOM 檔案格式。

醫學影像 NIfTI 轉 DICOM 格式

若要將 NIfTI 格式（*.nii 或 *.nii.gz）的醫學影像轉為 DICOM 格式，可以使用 Plastimatch 工具，而後續若需要進行進一步的 DICOM 格式編修，可以使用 DCMTK 工具，以下是操作教學。

DCMTK：DICOM ToolKit 安裝與使用教學與範例

Sat, 26 Mar 2022 14:22:01 +0800

介紹如何在 Ubuntu Linux 中安裝與使用 DCMTK（DICOM ToolKit）工具，進行 DICOM 影像的檢視、建立、轉換、傳送、接收與儲存等動作。

dicomsorter：DICOM 醫療影像檔案與目錄結構整理工具使用教學與範例

Fri, 25 Mar 2022 16:18:40 +0800

介紹各種 DICOM 檔案排序工具的使用方式，以及實際操作範例。

`dicomsorter`

dicomsorter 是一個以 Python 開發的命令列 DICOM 檔案排序與整理工具。

dicomsorter 可以使用 pip 來安裝：

# 安裝 dicomsorter
pip install dicomsorter

其使用方式可參考 --help 參數的輸出訊息。

Orthanc DICOM 影像伺服器安裝與使用教學

Mon, 14 Mar 2022 09:59:55 +0800

介紹如何在 Ubuntu Linux 中安裝與設定 Orthanc DICOM 影像伺服器，並以 Restful API 來操控 PACS 系統。

安裝 Orthanc

若在 Ubuntu Linux 中，可以透過 apt 安裝 Orthanc 伺服器，而除了基礎的 orthanc 套件之外，亦可選擇性安裝需要的外掛（plugin）：

Audacity 噪音抑制、去除背景雜音教學與範例

Thu, 18 Nov 2021 19:27:05 +0800

介紹如何使用 Audacity 的噪音抑制功能，去除錄音檔的背景雜音，讓聲音聽起來更清晰。

噪音抑制

Audacity 的噪音抑制（Noise Reduction）功能，可以用來消除音軌中的背景雜音，以下是消除背景雜訊的操作步驟。

TCIA 癌症影像檔案庫庋用流程、去識別化標準

Fri, 29 Oct 2021 08:44:44 +0800

介紹 TCIA 癌症影像檔案庫所採用的庋用流程（curation process），以及去識別化標準。

TCIA 癌症影像檔案庫

TCIA（The Cancer Imaging Archive）癌症影像檔案庫收集了臨床與臨床前（動物研究）放射學與病理學影像、臨床試驗資料（包括患者人口統計學資料與臨床結果）、標註與圖像衍生特徵，以及其他類型的臨床研究資料等（例如基因表達譜）。

OrthancWSIDicomizer：數位病理全玻片影像 WSI 轉 DICOM 格式工具教學與範例

Wed, 27 Oct 2021 18:28:35 +0800

介紹如何使用 OrthancWSIDicomizer 轉檔工具，將 SVS 格式的數位病理全玻片影像（WSI）轉換為 DICOM 影像格式。

安裝 OrthancWSIDicomizer

若在 Ubuntu Linux 中，OrthancWSIDicomizer 這個工具屬於 orthanc-wsi 套件，可以使用 apt 安裝：

WSI to DICOM Converter 數位病理全玻片影像 SVS 轉 DICOM 格式教學與範例

Tue, 26 Oct 2021 19:33:30 +0800

介紹如何使用 WSI to DICOM Converter 指令工具，將 SVS 格式的數位病理全玻片影像（WSI）轉換為標準的 DICOM 影像格式。

下載與編譯 WSI to DICOM Converter

從 WSI to DICOM Converter 的 GitHub 網站上下載原始碼：

CTP DICOM Anonymizer Tool 影像去識別化指令工具教學與範例

Tue, 26 Oct 2021 08:38:34 +0800

介紹如何使用 CTP 的 DICOM Anonymizer Tool 指令工具，對 DICOM 影像進行去識別化處理。

DicomAnonymizerTool 是一個包含 CTP DicomFilter、DicomPixeAnonymizer 與 DicomAnonymizer 去識別化功能的指令工具，可以對單一 DICOM 影像檔案或整個目錄進行去識別化處理，對於有自動化批次處理需求的使用者來說，可以將此工具整合至自己的程式或指令稿中。

CTP 去識別化 ID 對照表使用教學與範例

Mon, 25 Oct 2021 17:52:31 +0800

介紹如何使用 CTP 的 ID 對照表功能，依據事先定義的 ID 轉換清單，將 DICOM 影像中的含有 PHI 資訊的 ID 資料轉為匿名化或假名化的 ID 識別碼。

CTP Lookup Table 格式

CTP 的對照表（lookup table）功能可以讓 DICOM Anonymizer 在進行去識別化處理時，依據使用者定義的對照表將病人的 PHI 資料（例如 PatientID）轉換為匿名化或假名化的 ID 識別碼，以便連結同病人的其他類型資料。

CTP DICOM Pixel Anonymizer 影像去識別化教學與範例

Sun, 24 Oct 2021 17:46:24 +0800

介紹如何使用 CTP DICOM Pixel Anonymizer 影像去識別化工具，抹除烙印（burned-in）在影像上的個人資料。

CTP DICOM Pixel Anonymizer

CTP DICOM Pixel Anonymizer 是 CTP 處理流程中的一個處理步驟（stages），可依據指令稿所定義的判斷條件，將烙印在 DICOM 影像內的個人資料抹除。

CTP DICOM Filter 影像條件篩選教學與範例

Sat, 23 Oct 2021 19:53:28 +0800

介紹如何透過 CTP DICOM Filter 的語法，撰寫影像篩選條件的指令稿，檢查與過濾 DICOM 影像資料。

CTP DICOM Filter

CTP DICOM Filter 是 CTP 處理流程中的一個處理步驟（stages），可透過指令稿所定義的篩選條件，從處理流程中挑出不符合條件的 DICOM 影像，存放於指定的隔離目錄下。

CTP：DICOM 影像去識別化工具安裝與使用教學與範例

Thu, 21 Oct 2021 11:50:44 +0800

介紹如何安裝與使用 RSNA MIRC CTP 去識別化（de-identification）工具，對 DICOM 影像進行匿名化（anonymization）與假名化（pseudonymization）處理，清除影像中的個人資料。

DICOM 影像標準驗證工具 dciodvfy、dcentvfy 使用教學與範例

Tue, 19 Oct 2021 11:08:23 +0800

本文介紹如何使用 Dicom3tools 工具組中的 dciodvfy 與 dcentvfy 指令驗證醫學影像是否符合 DICOM 標準。

dciodvfy 與 dcentvfy 兩個指令都包含在 Dicom3tools 工具組中，安裝方式請參考 DICOM 影像工具 Dicom3tools：編譯、安裝、使用教學與範例。

Burp Suite 搭配 SQLiPy 透過 SQLMap 進行 SQL Injection 測試教學與範例

Sun, 17 Oct 2021 19:45:34 +0800

介紹如何安裝與使用 Burp Suite 進行網頁應用程式的安全性滲透測試。

SQLiPy 是 Burp Suite 的一個擴充功能，可以將 Burp Suite 攔截到的 HTTP 請求，透過 SQLMap 進行掃描，偵測 SQL injection 的弱點，以下是 SQLiPy 的安裝與使用方式。

DICOM 影像工具 Dicom3tools：編譯、安裝、使用教學與範例

Thu, 14 Oct 2021 11:39:57 +0800

介紹如何在 Windows、macOS 與 Linux 平台上編譯、安裝與使用 Dicom3tools 這套 DICOM 影像工具組。

Dicom3tools 是一套開放原始碼的 DICOM 影像工具組，此工具組中包含了許多的 DICOM 檔案處理指令工具，對於批次處理大量 DICOM 檔案來說非常有用。

ParaView 顯示 LAMMPS 分子動力學模擬結果教學與範例

Mon, 23 Aug 2021 11:54:34 +0800

介紹如何使用 ParaView 顯示 LAMMPS 分子動力學模擬結果。

安裝 LAMMPS

若在 Ubuntu Linux 中，可以在加入 LAMMPS 相關的套件庫之後，透過 apt 安裝 LAMMPS：

# 加入 LAMMPS 相關的套件庫
sudo add-apt-repository ppa:gladky-anton/lammps
sudo add-apt-repository ppa:openkim/latest

# 更新套件庫資訊
sudo apt-get update

# 安裝 LAMMPS
sudo apt-get install lammps-stable

安裝完成之後，系統上就會有一個 lmp_stable 執行檔，可以使用 -help 參數查看使用方式。

SonarQube 程式碼品質分析工具使用教學

Tue, 27 Apr 2021 16:22:12 +0800

介紹如何使用 SonarQube 這套程式碼品質分析工具，掃瞄並偵測程式碼的品質、安全性問題。

SonarQube 是一套程式碼品質分析工具，可用於系統開發階段，協助程式設計者維持程式碼品質、偵測安全性漏洞、減少技術債的累積。

PDFsam 合併、分割、旋轉、擷取 PDF 頁面工具使用教學

Sun, 25 Apr 2021 08:54:54 +0800

介紹如何使用 PDFsam Basic 免費版工具，處理 PDF 檔案的合併、分割、旋轉、擷取、交替合併頁面。

PDFsam Basic 是一套免費的 PDF 編輯工具，提供基本的 PDF 頁面修改功能，以下是各種功能的操作介紹。

Elastix 影像對準工具安裝、使用教學與範例

Wed, 08 Jul 2020 10:35:44 +0800

介紹如何安裝與使用 Elastix 影像對準工具，進行醫學影像對準（medical image registration）。

Elastix 是一套以 ITK 為基礎所開發的影像對準工具，內含多種適用於醫學影像對準的演算法，其模組化的設計可讓使用者快速設定、測試與比較各種影像對準方法，而指令介面則可方便使用者以指令稿批次處理大量的影像。

Linux 系統 Blender 安裝與使用 BVTKNodes 教學與範例

Fri, 03 Jul 2020 11:33:35 +0800

介紹如何在 Linux 系統下安裝與使用 BVTKNodes，讓 Blender 可以直接建立並使用 VTK 的流程。

若需要在 Windws 系統下安裝 BVTKNodes，可參考 Windws 系統 Blender 安裝與使用 BVTKNodes 教學與範例。

OpenImageIO 影像讀寫函式庫編譯、安裝教學

Tue, 02 Jun 2020 09:16:08 +0800

介紹如何從原始碼自行編譯並安裝 OpenImageIO 影像讀寫函式庫。

安裝 CMake

首先下載、編譯並安裝最新版的 CMake：

# 下載、編譯、安裝 CMake
wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.17.3/cmake-3.17.3.tar.gz
tar zxvf cmake-3.17.3.tar.gz
cd cmake-3.17.3
./configure
make -j8 && sudo make install

安裝編譯用系統套件

安裝一些編譯 OpenImageIO 所需的系統套件：

Windows 系統 Blender 安裝與使用 BVTKNodes 教學與範例

Fri, 22 May 2020 21:19:47 +0800

介紹如何在 Windows 系統下安裝與使用 BVTKNodes，讓 Blender 可以直接建立並使用 VTK 的流程。

若需要在 Linux 系統下安裝 BVTKNodes，可參考 Linux 系統 Blender 安裝與使用 BVTKNodes 教學與範例。

macOS 安裝 ga-cmd 自動取得 Google Authenticator OTP 一次性驗證碼教學與範例

Thu, 30 Apr 2020 15:01:30 +0800

介紹如何在 macOS 中安裝與使用 ga-cmd 以 shell 指令稿自動取的一次性驗證碼。

首先透過 brew 安裝幾個編譯用的工具：

# 安裝編譯用工具
brew install autoconf automake libtool

下載 ga-cmd 原始碼並進行編譯：

測試 CPU 每秒浮點運算次數 FLOPS 運算效能教學

Tue, 14 Apr 2020 09:43:53 +0800

介紹如何使用 Intel LINPACK Benchmark 工具測試 CPU 的每秒浮點運算次數（FLOPS）。

Step 1

從 Intel 官方網站下載 MKL（Math Kernel Library）標竿測試工具，這個工具有分為 Windows、macOS 與 Linux 版本，請依照自己的平台下載對應的版本。

VLC 轉正橫躺影片、旋轉影片修正角度教學

Fri, 13 Dec 2019 07:56:23 +0800

介紹如何使用 VLC 免費影片撥放軟體修影片的方向，將橫躺或顛倒的影片轉正。

使用手機拍攝影片時，有時候因為拍攝時沒有設定正確的方向，造成拍出來的影片上下顛倒或橫躺，在撥放觀看時非常不方便，就像這樣。

Vim 安裝設定 gruvbox 顏色佈景主題教學

Fri, 06 Dec 2019 10:15:31 +0800

介紹如何安裝與使用 gruvbox 這個 Vim 佈景主題，讓 Vim 的畫面配色更美觀。

gruvbox 是一個很漂亮的 Vim 佈景主題，安裝方式快速又方便，馬上就可以讓 Vim 的畫面配色改善許多，對於程式開發者來說非常好用。

Windows 安裝 GIMP 免費專業繪圖軟體教學

Tue, 16 Jul 2019 16:32:26 +0800

介紹如何在 Windows 中下載、安裝與使用免費的 GIMP 專業繪圖軟體，進行各種修圖工作。

專業的修圖軟體中，功能最強大的就是 Photoshop，不過 Photoshop 是商業軟體，需要花錢購買才能用，如果想用免費、功能又強的修圖軟體，最推薦的就是 GIMP，雖然他是免費軟體，但是功能非常豐富，可以稱的上是免費版的 Photoshop。

Chrome 內建子母畫面浮動影片視窗，工作看 YouTube

Wed, 24 Oct 2018 19:24:59 +0800

使用 Google Chrome 瀏覽器內建的子母畫面功能，讓影片以浮動視窗顯示在螢幕的角落。

許多人都會在工作時開一個 YouTube 這類的影片視窗，放在螢幕的角落，一邊工作一邊看影片（或聽音樂），而現在 Google 的 Chrome 瀏覽器內建了一個「子母畫面」功能，可以讓影片用一個獨立的小視窗顯示，方便使用者放在螢幕角落觀看，不但更省空間，而且也不會被其他視窗擋住，以下是子母畫面的使用步驟。

PuTTY 備份與回復設定教學

Fri, 20 Jul 2018 16:52:40 +0800

從登錄編輯程式中將 PuTTY 的連線主機與各種設定匯出，並在其他台電腦匯入。

PuTTY 是一個很普遍被使用的 SSH 與 Telnet 連線軟體，而通常我們都會把常用的主機連線儲存在 PuTTY 裡面，方便快速連線，但是 PuTTY 並沒有提供匯出與匯入設定檔的功能，若遇到重灌或是更換電腦的情況，就必須手動從 Windows 的「登錄編輯程式」匯出 PuTTY 的設定。

7-Zip 免費壓縮工具軟體，可解 RAR、ZIP、7z 等壓縮檔

Mon, 09 Apr 2018 13:46:55 +0800

7-Zip 是一套開放原始碼的免費壓縮工具軟體，支援多種壓縮格式，是 Windows 上壓縮軟體的首選。

常用的壓縮檔案格式中，除了標準的 ZIP 之外，最常見的應該就是 RAR 格式，由於 Windows 內建的檔案壓縮功能不支援 RAR，許多人會為了解壓縮 RAR 檔而去安裝 WinRAR 這套軟體，但是 WinRAR 是一套商業軟體，雖然它可以讓使用者無限期試用，但這樣用就法律上而言，沒有購買授權卻這樣長期使用是不合法的（就跟使用盜版軟體差不多）。